Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2016-07-07 c89a71dbf5ce77d7accc60d8637f0eea64ecc1e6
commit | author | age
a6b1b5 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
8db203 3 nshell=5
e86357 4 # dmax is the max. bond length (in units l_min)
304510 5 dmax=1.7
ea1cce 6 # dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
fe24d2 7 dmin_interspecies=1.2
e86357 8 # bending rigidity of the membrane (in units kT)
2dcc65 9 xk0=10.0
e86357 10 # max step size (in units l_min)
a6b1b5 11 stepsize=0.15
e86357 12
M 13 # Pressure calculations
14 # (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
45c708 15 pswitch = 0
2dcc65 16 # pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
37791b 17 pressure=-10.0
a6b1b5 18
267433 19 #Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
37791b 20 constvolswitch=0
dd5aca 21 constvolprecision=1e-14
9166cb 22
c0ae90 23 #Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
8db203 24 constareaswitch=0
9166cb 25
624f81 26 ####### Polymer (brush) definitions ###########
a2db52 27 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
8db203 28 npoly=0
48bb92 29 # nmono is a number of monomers in each polymer
8db203 30 nmono=2
48bb92 31 # Spring constant between monomers of the polymer
M 32 k_spring=800
a6b1b5 33
624f81 34 ####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
58230a 35 # nfil is a number of filaments inside the vesicle
8db203 36 nfil=0
58230a 37 # nfono is a number of monomers in each filament
8db203 38 nfono=3
b30f45 39 # Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
611412 40 xi=0
58230a 41
M 42 ####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
43 # Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
f06f5f 44 R_nucleus=0
bfa6c4 45 R_nucleusX=0
SP 46 R_nucleusY=0
47 R_nucleusZ=0
a6b1b5 48 #######  Cell definitions ############
SP 49 nxmax=60
50 nymax=60
51 nzmax=60
52
53
54 ####### Program Control ############
d7a113 55 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
a5e543 56 #200000
bac004 57 mcsweeps=200
d7a113 58 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
a5e543 59 #2
a17e91 60 inititer=10
d7a113 61 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
a5e543 62 #10000
M 63 iterations=100
d7a113 64
a6b1b5 65
dc77e8 66 ###### Spherical harmonics ###########
5a3862 67 # If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
c60a49 68 spherical_harmonics_coefficients=21
dc77e8 69
a6b1b5 70 #shut up if we are using cluster!!!
SP 71 quiet=false
f74313 72
SP 73 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
74 #currently only none makes sense.
75 multiprocessing=none
76 #how many cores are allowed to process in SMP?
77 smp_cores=2
78 #how many nodes in cluster?
79 cluster_nodes=50
80 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
81 distributed_processes=50
82 #cuda options???