Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2016-07-06 c54425ba9bb4f9345e021e1a8daecdec8838b1dc
commit | author | age
bc14fb 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
3 nshell=5
4 # dmax is the max. bond length (in units l_min)
5 dmax=1.7
6 # dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
7 dmin_interspecies=1.2
8 # bending rigidity of the membrane (in units kT)
9 xk0=10.0
10 # max step size (in units l_min)
11 stepsize=0.15
12
13 # Pressure calculations
14 # (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
15 pswitch = 0
16 # pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
17 pressure=0.0
18
19 #Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
20 constvolswitch=2
21 constvolprecision=1e-14
22
23 #Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
24 constareaswitch=2
25
26 ####### Polymer (brush) definitions ###########
27 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
28 npoly=2
29 # nmono is a number of monomers in each polymer
30 nmono=10
31 # Spring constant between monomers of the polymer
32 k_spring=800
33
34 ####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
35 # nfil is a number of filaments inside the vesicle
36 nfil=0
37 # nfono is a number of monomers in each filament
38 nfono=300
39 # Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
40 xi=0
41
42 ####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
43 # Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
44 R_nucleus=0
45
46 #######  Cell definitions ############
47 nxmax=60
48 nymax=60
49 nzmax=60
50
51
52 ####### Program Control ############
53 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
54 #200000
dfa2df 55 mcsweeps=200
bc14fb 56 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
SP 57 #2
a17e91 58 inititer=10
bc14fb 59 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
SP 60 #10000
61 iterations=100
62
63
64 ###### Spherical harmonics ###########
65 # If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
66 spherical_harmonics_coefficients=21
67
68 #shut up if we are using cluster!!!
69 quiet=false
70
71 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
72 #currently only none makes sense.
73 multiprocessing=none
74 #how many cores are allowed to process in SMP?
75 smp_cores=2
76 #how many nodes in cluster?
77 cluster_nodes=50
78 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
79 distributed_processes=50
80 #cuda options???