Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2016-12-06 c2c6364dc7d23f21dabd2179e775e93ba4eeb252
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
d7639a 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include "general.h"
4 #include "cell.h"
f74313 5 #include "frame.h"
ea1cce 6
3de289 7
SP 8 #include "triangle.h"
d7639a 9 ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle){
3a018d 10     ts_uint i,j, n=vesicle->vlist->n;
f74313 11     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
d7639a 12     vesicle->cm[0]=0;
SP 13     vesicle->cm[1]=0;
14     vesicle->cm[2]=0;
f74313 15     for(i=0;i<n;i++){
8f6a69 16         vesicle->cm[0]+=vtx[i]->x;
SP 17         vesicle->cm[1]+=vtx[i]->y;
18         vesicle->cm[2]+=vtx[i]->z; 
d7639a 19     } 
dac2e5 20     vesicle->cm[0]/=(ts_float)n;
SP 21     vesicle->cm[1]/=(ts_float)n;
22     vesicle->cm[2]/=(ts_float)n;
919555 23
SP 24     for(i=0;i<n;i++){
25         vtx[i]->x-=vesicle->cm[0];
26         vtx[i]->y-=vesicle->cm[1];
27         vtx[i]->z-=vesicle->cm[2]; 
28     } 
58230a 29 //move polymers for the same vector as we moved vesicle
3a018d 30     for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
M 31         for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
32             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
33             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
34             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
35         }
36     }
58230a 37 //move filaments for the same vector as we moved vesicle
M 38     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
39         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
40             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
41             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
42             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
43         }
44     }
4891eb 45 //move nucleus for the same vector as we moved vesicle
SP 46     vesicle->nucleus_center[0]-=vesicle->cm[0];
47     vesicle->nucleus_center[1]-=vesicle->cm[1];
48     vesicle->nucleus_center[2]-=vesicle->cm[2];
3a018d 49
58230a 50     vesicle->cm[0]=0.0;
M 51     vesicle->cm[1]=0.0;
52     vesicle->cm[2]=0.0;
a63f17 53
3de289 54     for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
SP 55         triangle_normal_vector(vesicle->tlist->tria[i]);
56     }
57
58
d7639a 59     return TS_SUCCESS;
SP 60 }
61
f74313 62 ts_bool cell_occupation(ts_vesicle *vesicle){
48bb92 63     ts_uint i,j,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
d7639a 64
f74313 65     cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
SP 66     for(i=0;i<n;i++){
67     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->vlist->vtx[i]);
a63f17 68 //    already done in cell_add_vertex
SP 69 //    vesicle->vlist->vtx[i]->cell=vesicle->clist->cell[cellidx];
d7639a 70
f74313 71     cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->vlist->vtx[i]);
d7639a 72     }
48bb92 73
58230a 74 //Add all polymers to cells
90882f 75 if(vesicle->poly_list!=NULL){
48bb92 76     for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
M 77     for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
78         cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
79         cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
80     }
81     }
90882f 82 }
58230a 83 //Add all filaments to cells
90882f 84 if(vesicle->filament_list!=NULL){
58230a 85      for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
M 86     for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
87         cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
88         cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
89     }
90     }
90882f 91 }   
48bb92 92
d7639a 93     return TS_SUCCESS;
SP 94 }