Trisurf Monte Carlo simulator
view | history | commit | commitdiff
Samo Penic
2019-08-14 aede7e0121a037fd7226a8bfd558eb21a932fa5a
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
7958e9 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include<math.h>
4 #include<stdio.h>
5 #include "general.h"
6 #include "vertex.h"
7 #include "bond.h"
8 #include "vesicle.h"
9 #include "vertex.h"
10 #include "triangle.h"
11 #include "initial_distribution.h"
f74313 12 #include "energy.h"
1ab449 13 #include "poly.h"
8a6614 14 #include "io.h"
dc77e8 15 #include "sh.h"
459ff9 16 #include "shcomplex.h"
7958e9 17
SP 18 ts_vesicle *initial_distribution_dipyramid(ts_uint nshell, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize){
1ab449 19     ts_fprintf(stdout,"Starting initial_distribution on vesicle with %u shells!...\n",nshell);
7958e9 20     ts_bool retval;
1ab449 21     ts_uint no_vertices=5*nshell*nshell+2;    
SP 22     ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(no_vertices,ncmax1,ncmax2,ncmax3,stepsize);
23     vesicle->nshell=nshell;
24     //retval = vtx_set_global_values(vesicle);
25     retval = pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(vesicle->vlist);
26     retval = init_vertex_neighbours(vesicle->vlist);
27     vesicle->vlist = init_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
b01cc1 28    // retval = init_vesicle_bonds(vesicle); // bonds are created in sort_neigh
1ab449 29     retval = init_triangles(vesicle);
SP 30     retval = init_triangle_neighbours(vesicle);
31     retval = init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
32     retval = init_normal_vectors(vesicle->tlist);
33     retval = mean_curvature_and_energy(vesicle);
34     ts_fprintf(stdout,"initial_distribution finished!\n");
41a035 35     if(retval);
7958e9 36     return vesicle;
SP 37 } 
38
39
1ab449 40
SP 41 ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
42     ts_vesicle *vesicle;
bcf455 43
1ab449 44     vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
698ae1 45         vesicle->tape=tape;
d43116 46     vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
SP 47     vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
698ae1 48     set_vesicle_values_from_tape(vesicle);
def8b5 49         initial_population_with_c0(vesicle,tape);
698ae1 50     return vesicle;
SP 51 }
52
53 ts_bool set_vesicle_values_from_tape(ts_vesicle *vesicle){
58230a 54     // Nucleus:
698ae1 55     ts_vertex *vtx;
SP 56     ts_tape *tape=vesicle->tape;
fe24d2 57     vesicle->R_nucleus=tape->R_nucleus*tape->R_nucleus;
37791b 58     vesicle->R_nucleusX=tape->R_nucleusX*tape->R_nucleusX;
SP 59     vesicle->R_nucleusY=tape->R_nucleusY*tape->R_nucleusY;
60     vesicle->R_nucleusZ=tape->R_nucleusZ*tape->R_nucleusZ;
fe24d2 61     vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
bcf455 62
58230a 63     //Initialize grafted polymers (brush):
d43116 64     //vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
1ab449 65     vesicle->spring_constant=tape->kspring;
SP 66     poly_assign_spring_const(vesicle);
bcf455 67
58230a 68     //Initialize filaments (polymers inside the vesicle):
M 69     vesicle->filament_list=init_poly_list(tape->nfil,tape->nfono, NULL, vesicle);
bcf455 70     poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);
58230a 71
bcf455 72     ts_uint i,j;
M 73     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
74         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
75             bond_vector(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]);
76             vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->bond_length = sqrt(vtx_distance_sq(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1,vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2));
77         }
58230a 78     }
bcf455 79
M 80     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
81         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
82             vtx = vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j];
83             if(vtx->bond_no == 2){
84             vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
85             }
86         }
58230a 87     }
bcf455 88
ea1cce 89     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
M 90         vertex_list_assign_id(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist,TS_ID_FILAMENT);
91     }
bcf455 92
58230a 93 //    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
M 94 //    poly_assign_spring_const(vesicle);
95
1ab449 96     
SP 97     vesicle->nshell=tape->nshell;
98     vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax; /* dmax^2 in the vesicle dmax variable */
99     vesicle->bending_rigidity=tape->xk0;
100     vtx_set_global_values(vesicle); /* make xk0 default value for every vertex */ 
f4d6ca 101 //    ts_fprintf(stdout, "Tape setting: xk0=%e\n",tape->xk0);
1ab449 102     vesicle->stepsize=tape->stepsize;
SP 103     vesicle->clist->ncmax[0]=tape->ncxmax;
104     vesicle->clist->ncmax[1]=tape->ncymax;
105     vesicle->clist->ncmax[2]=tape->nczmax;
90882f 106     vesicle->clist->max_occupancy=16; /* hard coded max occupancy? */
1ab449 107
SP 108     vesicle->pressure= tape->pressure;
109     vesicle->pswitch=tape->pswitch;
632960 110     if(tape->shc>0){
459ff9 111         vesicle->sphHarmonics=complex_sph_init(vesicle->vlist,tape->shc);
632960 112     }
SP 113     else {
114         vesicle->sphHarmonics=NULL;
115     }
e5858f 116
699ac4 117     vesicle->tlist->a0=sqrt(3)/4*pow((vesicle->tape->dmax+1.0)/2.0,2);  
698ae1 118     return TS_SUCCESS;
1ab449 119
SP 120 }
121
122
def8b5 123 ts_bool initial_population_with_c0(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
SP 124     int rndvtx,i,j;
e5858f 125     if(tape->number_of_vertices_with_c0>0){
073d28 126 //        ts_fprintf(stderr,"Setting values for spontaneous curvature as defined in tape\n");
eb9583 127         j=0;
e5858f 128         for(i=0;i<tape->number_of_vertices_with_c0;i++){
SP 129             rndvtx=rand() % vesicle->vlist->n;
eb9583 130             if(fabs(vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c-tape->c0)<1e-15){
SP 131                 j++;
132                 i--;
133                 if(j>10*vesicle->vlist->n){
134                     fatal("cannot populate vesicle with vertices with spontaneous curvature. Too many spontaneous curvature vertices?",100);
135                 }
136                 continue;
137             }
e5858f 138             vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c=tape->c0;
SP 139         }
140         mean_curvature_and_energy(vesicle);
141         if(fabs(tape->w)>1e-16){ //if nonzero energy
073d28 142 //            ts_fprintf(stderr,"Setting attraction between vertices with spontaneous curvature\n");
e5858f 143             sweep_attraction_bond_energy(vesicle);
SP 144         }
145     }
def8b5 146     return TS_SUCCESS;
1ab449 147 }
SP 148
149
7958e9 150 ts_bool pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(ts_vertex_list *vlist){
SP 151     /* Some often used relations */
152     const ts_double s1= sin(2.0*M_PI/5.0);
153     const ts_double s2= sin(4.0*M_PI/5.0);
154     const ts_double c1= cos(2.0*M_PI/5.0);
155     const ts_double c2= cos(4.0*M_PI/5.0);
156
157     /* Calculates projection lenght of an edge bond to pentagram plane */
fab2ad 158     const ts_double xl0=DEF_A0/(2.0*sin(M_PI/5.0));
7958e9 159 #ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
fab2ad 160     const ts_double z0=sqrt(pow(DEF_A0,2)-pow(xl0,2));
7958e9 161 #endif
SP 162 #ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
fab2ad 163     const ts_double z0=sqrtf(powf(DEF_A0,2)-powf(xl0,2));
7958e9 164 #endif
SP 165 #ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
fab2ad 166     const ts_double z0=sqrtl(powl(DEF_A0,2)-powl(xl0,2));
7958e9 167 #endif
SP 168 //    const z0=sqrt(A0*A0 -xl0*xl0); /* I could use pow function but if pow is used make a check on the float type. If float then powf, if long double use powl */
169
170 /*placeholder for the pointer to vertex datastructure list... DIRTY: actual pointer points towards invalid address, one position before actual beginning of the list... This is to solve the difference between 1 based indexing in original program in fortran and 0 based indexing in C. All algorithms remain unchanged because of this!*/
171     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1 ; 
172
173
174     ts_uint nshell=(ts_uint)( sqrt((ts_double)(vlist->n-2)/5));
175 //    printf("nshell=%u\n",nshell);
176     ts_uint i,n0; // some for loop prereq
177     ts_int j,k;
178     ts_double dx,dy; // end loop prereq
179
180     /* topmost vertex */
8f6a69 181     vtx[1]->x=0.0;
SP 182     vtx[1]->y=0.0;
183     vtx[1]->z=z0*(ts_double)nshell;
7958e9 184     
SP 185     /* starting from to in circular order on pentagrams */    
186     for(i=1;i<=nshell;i++){
187         n0=2+5*i*(i-1)/2; //-1 would be for the reason that C index starts from 0 
8f6a69 188         vtx[n0]->x=0.0;
SP 189         vtx[n0]->y=(ts_double)i*xl0;
190         vtx[n0+i]->x=vtx[n0]->y*s1;
191         vtx[n0+i]->y=vtx[n0]->y*c1;
192         vtx[n0+2*i]->x=vtx[n0]->y*s2;
193         vtx[n0+2*i]->y=vtx[n0]->y*c2;
194         vtx[n0+3*i]->x=-vtx[n0+2*i]->x;
195         vtx[n0+3*i]->y=vtx[n0+2*i]->y;
196         vtx[n0+4*i]->x=-vtx[n0+i]->x;
197         vtx[n0+4*i]->y=vtx[n0+i]->y;
7958e9 198     }
SP 199
200     /* vertexes on the faces of the dipyramid */
201     for(i=1;i<=nshell;i++){
202         n0=2+5*i*(i-1)/2; // -1 would be because of C!
203         for(j=1;j<=i-1;j++){
8f6a69 204             dx=(vtx[n0]->x-vtx[n0+4*i]->x)/(ts_double)i;
SP 205             dy=(vtx[n0]->y-vtx[n0+4*i]->y)/(ts_double)i;
206             vtx[n0+4*i+j]->x=(ts_double)j*dx+vtx[n0+4*i]->x;
207             vtx[n0+4*i+j]->y=(ts_double)j*dy+vtx[n0+4*i]->y;
7958e9 208         }
SP 209         for(k=0;k<=3;k++){ // I would be worried about zero starting of for
8f6a69 210             dx=(vtx[n0+(k+1)*i]->x - vtx[n0+k*i]->x)/(ts_double) i;
SP 211             dy=(vtx[n0+(k+1)*i]->y - vtx[n0+k*i]->y)/(ts_double) i;
7958e9 212             for(j=1; j<=i-1;j++){
8f6a69 213                 vtx[n0+k*i+j]->x= (ts_double)j*dx+vtx[n0+k*i]->x;
SP 214                 vtx[n0+k*i+j]->y= (ts_double)j*dy+vtx[n0+k*i]->y;
7958e9 215             } 
SP 216         } 
217     }
218
219     for(i=1;i<=nshell;i++){
220         n0= 2+ 5*i*(i-1)/2;
221         for(j=0;j<=5*i-1;j++){
8f6a69 222         vtx[n0+j]->z= z0*(ts_double)(nshell-i);   // I would be worried about zero starting of for
7958e9 223         }
SP 224     }
225
226 /* for botom part of dipyramide we calculate the positions of vertices */
227     for(i=2+5*nshell*(nshell+1)/2;i<=vlist->n;i++){
8f6a69 228         vtx[i]->x=vtx[vlist->n - i +1]->x;
SP 229         vtx[i]->y=vtx[vlist->n - i +1]->y;
230         vtx[i]->z=-vtx[vlist->n - i +1]->z;
7958e9 231     }
SP 232
233     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
234         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
235             if(i!=j && vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j])<0.001){
236                 printf("Vertices %u and %u are the same!\n",i,j);
237             }
238         }
239     }
240     return TS_SUCCESS;
241 }
242
243
244
245 ts_bool init_vertex_neighbours(ts_vertex_list *vlist){
246     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
247     const ts_double eps=0.001; //TODO: find out if you can use EPS from math.h
248     ts_uint i,j;
249     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
250     /*this is not required if we zero all data in vertex structure at initialization */
251     /*if we force zeroing at initialization this for loop can safely be deleted */
252     //for(i=1;i<=vlist->n;i++){
253     //    vtx[i].neigh_no=0;
254     //}
255     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
256         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
257             dist2=vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j]);
fab2ad 258             if( (dist2>eps) && (dist2<(DEF_A0*DEF_A0+eps))){ 
7958e9 259     //if it is close enough, but not too much close (solves problem of comparing when i==j)
SP 260                 vtx_add_neighbour(vtx[i],vtx[j]);
261             }
262         }
263     //        printf ("vertex %u ima %u sosedov!\n",i,vtx[i]->data->neigh_no);
264     }
265
266     return TS_SUCCESS;
267 }
268
b01cc1 269 // TODO: with new datastructure can be rewritten. Partially it is done, but it is complicated.
SP 270 ts_vertex_list *init_sort_neighbours(ts_bond_list *blist,ts_vertex_list *vlist){
7958e9 271     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
SP 272     ts_uint i,l,j,jj,jjj,k=0;   
273     ts_double eps=0.001; // Take a look if EPS from math.h can be used
274
275 /*lets initialize memory for temporary vertex_list. Should we write a function instead */
b01cc1 276     ts_vertex_list *tvlist=vertex_list_copy(vlist);
7958e9 277     ts_vertex **tvtx=tvlist->vtx -1;  /* again to compensate for 0-indexing */
SP 278
279     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
280     ts_double direct; // Something, dont know what, but could be normal of some kind
281     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
282         k++; // WHY i IS NOT GOOD??
8f6a69 283            vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k], tvtx[vtx[i]->neigh[0]->idx+1]); //always add 1st
7958e9 284            jjj=1;
SP 285            jj=1;
8f6a69 286            for(l=2;l<=vtx[i]->neigh_no;l++){
SP 287                for(j=2;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
288                    dist2=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
289                    direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
290 // TODO: check if fabs can be used with all floating point types!!
fab2ad 291                    if( (fabs(dist2-DEF_A0*DEF_A0)<=eps) && (direct>0.0) && (j!=jjj) ){
8f6a69 292                        vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k],tvtx[vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1]);
7958e9 293                        jjj=jj;
SP 294                        jj=j;
295                        break;
296                    }
297                }
298            }    
299     }
b01cc1 300 /* We use the temporary vertex for our main vertices and we abandon main
SP 301  * vertices, because their neighbours are not correctly ordered */
302    // tvtx=vlist->vtx;
303    // vlist->vtx=tvtx;
304    // tvlist->vtx=vtx;
305     vtx_list_free(vlist);
306 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
307     if((blist->n)!=3*(tvlist->n-2)){
308         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(tvlist->n-2));
309         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
7958e9 310     }
SP 311
b01cc1 312     return tvlist;
7958e9 313 }
SP 314
315
316 ts_bool init_vesicle_bonds(ts_vesicle *vesicle){
317     ts_vertex_list *vlist=vesicle->vlist;
318     ts_bond_list *blist=vesicle->blist;
319     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx - 1; // Because of 0 indexing
320 /* lets make correct clockwise ordering of in nearest neighbour list */
321     ts_uint i,j,k;
322     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
323         for(j=i+1;j<=vlist->n;j++){
8f6a69 324             for(k=0;k<vtx[i]->neigh_no;k++){ // has changed 0 to < instead of 1 and <=
SP 325                 if(vtx[i]->neigh[k]==vtx[j]){  //if addresses matches it is the same
7958e9 326                     bond_add(blist,vtx[i],vtx[j]);
SP 327                     break;
328                 }
329             }
330         }
331     } 
332 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
333     if((blist->n)!=3*(vlist->n-2)){
334         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(vlist->n-2));
335         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
336     }
337     return TS_SUCCESS;
338 }
339
340
341
342 ts_bool init_triangles(ts_vesicle *vesicle){
343     ts_uint i,j,jj,k;
344     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
345     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
346     ts_double dist, direct;
347     ts_double eps=0.001; // can we use EPS from math.h?
348     k=0;
349     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 350         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 351             for(jj=1;jj<=vtx[i]->neigh_no;jj++){
7958e9 352         //        ts_fprintf(stderr,"%u: (%u,%u) neigh_no=%u ",i,j,jj,vtx[i].neigh_no);
SP 353         //      ts_fprintf(stderr,"%e, %e",vtx[i].neigh[j-1]->x,vtx[i].neigh[jj-1]->x);
8f6a69 354                 dist=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
SP 355                 direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);                
356 // TODO: same as above                
fab2ad 357                 if(fabs(dist-DEF_A0*DEF_A0)<=eps && direct < 0.0 && vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1 > i && vtx[i]->neigh[jj-1]->idx+1 >i){
8f6a69 358                     triangle_add(tlist,vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
7958e9 359                 }    
SP 360             }    
361         }
362     }
363 /* We check if all triangles have 3 vertices and if the number of triangles
364  * matches the theoretical value.
365  */
366     for(i=0;i<tlist->n;i++){
367         k=0;
368         for(j=0;j<3;j++){
41a035 369             if(tlist->tria[i]->vertex[j]!=NULL)
7958e9 370             k++;
SP 371         }
372             if(k!=3){
8f6a69 373                 fatal("Some triangles have less than 3 vertices..",4);
7958e9 374             }   
SP 375     } 
376     if(tlist->n!=2*(vesicle->vlist->n -2)){
377         ts_fprintf(stderr,"The number of triangles is %u but should be %u!\n",tlist->n,2*(vesicle->vlist->n -2));
378         fatal("The number of triangles doesn't match 2*(no_vertex -2).",4);
379     }
380     return TS_SUCCESS;
381 }
382
383
384
385 ts_bool init_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
386     ts_uint i,j,nobo;
387     ts_vertex *i1,*i2,*i3,*j1,*j2,*j3;
388 //    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
389     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
390     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
391     nobo=0;
392     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 393         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 394         i2=tria[i]->vertex[1]; 
395         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 396         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 397             if(j==i) continue;
41a035 398             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 399             j2=tria[j]->vertex[1]; 
400             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 401             if((i1==j1 && i3==j2) || (i1==j2 && i3==j3) || (i1==j3 && i3==j1)){
SP 402                     triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
403                     nobo++;
404             }
405         }
406     }
407     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 408         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 409         i2=tria[i]->vertex[1]; 
410         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 411         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 412             if(j==i) continue;
41a035 413             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 414             j2=tria[j]->vertex[1]; 
415             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 416             if((i1==j1 && i2==j3) || (i1==j3 && i2==j2) || (i1==j2 && i2==j1)){
SP 417                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
418                 nobo++;
419             }
420         }
421     }
422     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 423         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 424         i2=tria[i]->vertex[1]; 
425         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 426         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 427             if(j==i) continue;
41a035 428             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 429             j2=tria[j]->vertex[1]; 
430             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 431             if((i2==j1 && i3==j3) || (i2==j3 && i3==j2) || (i2==j2 && i3==j1)){
SP 432                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
433                 nobo++;
434             }
435         }
436     }
437     if(nobo != vesicle->blist->n*2) {
438             ts_fprintf(stderr,"Number of triangles= %u, number of bonds= %u\n",nobo/2, vesicle->blist->n);
439             fatal("Number of triangle neighbour pairs differs from double the number of bonds!",4);
440     }
441     return TS_SUCCESS;
442 }
443
444
445 ts_bool init_common_vertex_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
446     ts_uint i,j,jp,k;
447     ts_vertex *k1,*k2,*k3,*k4,*k5;
448     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
449     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
450     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
451
452     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 453         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 454             k1=vtx[i]->neigh[j-1];
7958e9 455             jp=j+1;
8f6a69 456             if(j == vtx[i]->neigh_no) jp=1;
SP 457             k2=vtx[i]->neigh[jp-1];
7958e9 458             for(k=1;k<=tlist->n;k++){        // VERY NON-OPTIMAL!!! too many loops (vlist.n * vtx.neigh * tlist.n )!
41a035 459                 k3=tria[k]->vertex[0];
SP 460                 k4=tria[k]->vertex[1];
461                 k5=tria[k]->vertex[2];
7958e9 462 //                ts_fprintf(stderr,"%u %u: k=(%u %u %u)\n",k1,k2,k3,k4,k5);
SP 463                 if((vtx[i]==k3 && k1==k4 && k2==k5) ||
464                 (vtx[i]==k4 && k1==k5 && k2==k3) ||
465                 (vtx[i]==k5 && k1==k3 && k2==k4)){
b01cc1 466
SP 467 //TODO: probably something wrong with neighbour distribution.
468 //                if(vtx[i]==k3 || vtx[i]==k4 || vtx[i]==k5){
dac2e5 469     //                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
7958e9 470                     vertex_add_tristar(vtx[i],tria[k]);
SP 471                 }
472             }
473         }
474 /*        ts_fprintf(stderr,"TRISTAR for %u (%u):",i-1,vtx[i].tristar_no);
475         for(j=0;j<vtx[i].tristar_no;j++){
476             ts_fprintf(stderr," %u,",vtx[i].tristar[j]->idx);
477         }
478         ts_fprintf(stderr,"\n"); */
479     }
480     return TS_SUCCESS;
481 }
482
483
484 ts_bool init_normal_vectors(ts_triangle_list *tlist){
485     /* Normals point INSIDE vesicle */
486     ts_uint k;
487     ts_triangle **tria=tlist->tria -1; //for 0 indexing
488     for(k=1;k<=tlist->n;k++){
489         triangle_normal_vector(tria[k]);    
490     }
491     return TS_SUCCESS;
492 }