Trisurf Monte Carlo simulator
view | history | commit | commitdiff
Samo Penic
2016-06-22 9447bd5e078944df080b75e054cd4dc95c6c9303
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
7958e9 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include<math.h>
4 #include<stdio.h>
5 #include "general.h"
6 #include "vertex.h"
7 #include "bond.h"
8 #include "vesicle.h"
9 #include "vertex.h"
10 #include "triangle.h"
11 #include "initial_distribution.h"
f74313 12 #include "energy.h"
1ab449 13 #include "poly.h"
8a6614 14 #include "io.h"
dc77e8 15 #include "sh.h"
459ff9 16 #include "shcomplex.h"
7958e9 17
SP 18 ts_vesicle *initial_distribution_dipyramid(ts_uint nshell, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize){
1ab449 19     ts_fprintf(stdout,"Starting initial_distribution on vesicle with %u shells!...\n",nshell);
7958e9 20     ts_bool retval;
1ab449 21     ts_uint no_vertices=5*nshell*nshell+2;    
SP 22     ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(no_vertices,ncmax1,ncmax2,ncmax3,stepsize);
23     vesicle->nshell=nshell;
24     //retval = vtx_set_global_values(vesicle);
25     retval = pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(vesicle->vlist);
26     retval = init_vertex_neighbours(vesicle->vlist);
27     vesicle->vlist = init_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
b01cc1 28    // retval = init_vesicle_bonds(vesicle); // bonds are created in sort_neigh
1ab449 29     retval = init_triangles(vesicle);
SP 30     retval = init_triangle_neighbours(vesicle);
31     retval = init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
32     retval = init_normal_vectors(vesicle->tlist);
33     retval = mean_curvature_and_energy(vesicle);
34     ts_fprintf(stdout,"initial_distribution finished!\n");
41a035 35     if(retval);
7958e9 36     return vesicle;
SP 37 } 
38
39
1ab449 40
SP 41 ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
42     ts_vesicle *vesicle;
bcf455 43
1ab449 44     vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
698ae1 45         vesicle->tape=tape;
SP 46     set_vesicle_values_from_tape(vesicle);
47     return vesicle;
48 }
49
50 ts_bool set_vesicle_values_from_tape(ts_vesicle *vesicle){
58230a 51     // Nucleus:
698ae1 52     ts_vertex *vtx;
SP 53     ts_tape *tape=vesicle->tape;
fe24d2 54     vesicle->R_nucleus=tape->R_nucleus*tape->R_nucleus;
37791b 55     vesicle->R_nucleusX=tape->R_nucleusX*tape->R_nucleusX;
SP 56     vesicle->R_nucleusY=tape->R_nucleusY*tape->R_nucleusY;
57     vesicle->R_nucleusZ=tape->R_nucleusZ*tape->R_nucleusZ;
fe24d2 58     vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
bcf455 59
58230a 60     //Initialize grafted polymers (brush):
624f81 61     vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
1ab449 62     vesicle->spring_constant=tape->kspring;
SP 63     poly_assign_spring_const(vesicle);
bcf455 64
58230a 65     //Initialize filaments (polymers inside the vesicle):
M 66     vesicle->filament_list=init_poly_list(tape->nfil,tape->nfono, NULL, vesicle);
bcf455 67     poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);
58230a 68
bcf455 69     ts_uint i,j;
M 70     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
71         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
72             bond_vector(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]);
73             vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->bond_length = sqrt(vtx_distance_sq(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1,vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2));
74         }
58230a 75     }
bcf455 76
M 77     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
78         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
79             vtx = vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j];
80             if(vtx->bond_no == 2){
81             vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
82             }
83         }
58230a 84     }
bcf455 85
ea1cce 86     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
M 87         vertex_list_assign_id(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist,TS_ID_FILAMENT);
88     }
bcf455 89
58230a 90 //    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
M 91 //    poly_assign_spring_const(vesicle);
92
1ab449 93     
SP 94     vesicle->nshell=tape->nshell;
95     vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax; /* dmax^2 in the vesicle dmax variable */
96     vesicle->bending_rigidity=tape->xk0;
97     vtx_set_global_values(vesicle); /* make xk0 default value for every vertex */ 
f4d6ca 98 //    ts_fprintf(stdout, "Tape setting: xk0=%e\n",tape->xk0);
1ab449 99     vesicle->stepsize=tape->stepsize;
SP 100     vesicle->clist->ncmax[0]=tape->ncxmax;
101     vesicle->clist->ncmax[1]=tape->ncymax;
102     vesicle->clist->ncmax[2]=tape->nczmax;
103     vesicle->clist->max_occupancy=8; /* hard coded max occupancy? */
104
105     vesicle->pressure= tape->pressure;
106     vesicle->pswitch=tape->pswitch;
632960 107     if(tape->shc>0){
459ff9 108         vesicle->sphHarmonics=complex_sph_init(vesicle->vlist,tape->shc);
632960 109     }
SP 110     else {
111         vesicle->sphHarmonics=NULL;
112     }
e5858f 113
SP 114     int rndvtx;
115     if(tape->number_of_vertices_with_c0>0){
116         ts_fprintf(stderr,"Setting values for spontaneous curvature as defined in tape\n");
eb9583 117         j=0;
e5858f 118         for(i=0;i<tape->number_of_vertices_with_c0;i++){
SP 119             rndvtx=rand() % vesicle->vlist->n;
eb9583 120             if(fabs(vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c-tape->c0)<1e-15){
SP 121                 j++;
122                 i--;
123                 if(j>10*vesicle->vlist->n){
124                     fatal("cannot populate vesicle with vertices with spontaneous curvature. Too many spontaneous curvature vertices?",100);
125                 }
126                 continue;
127             }
e5858f 128             vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c=tape->c0;
SP 129         }
130         mean_curvature_and_energy(vesicle);
131         if(fabs(tape->w)>1e-16){ //if nonzero energy
132             ts_fprintf(stderr,"Setting attraction between vertices with spontaneous curvature\n");
133             sweep_attraction_bond_energy(vesicle);
134         }
135     }
136     
698ae1 137     return TS_SUCCESS;
1ab449 138
SP 139 }
140
141
142
143
144
7958e9 145 ts_bool pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(ts_vertex_list *vlist){
SP 146     /* Some often used relations */
147     const ts_double s1= sin(2.0*M_PI/5.0);
148     const ts_double s2= sin(4.0*M_PI/5.0);
149     const ts_double c1= cos(2.0*M_PI/5.0);
150     const ts_double c2= cos(4.0*M_PI/5.0);
151
152     /* Calculates projection lenght of an edge bond to pentagram plane */
fab2ad 153     const ts_double xl0=DEF_A0/(2.0*sin(M_PI/5.0));
7958e9 154 #ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
fab2ad 155     const ts_double z0=sqrt(pow(DEF_A0,2)-pow(xl0,2));
7958e9 156 #endif
SP 157 #ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
fab2ad 158     const ts_double z0=sqrtf(powf(DEF_A0,2)-powf(xl0,2));
7958e9 159 #endif
SP 160 #ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
fab2ad 161     const ts_double z0=sqrtl(powl(DEF_A0,2)-powl(xl0,2));
7958e9 162 #endif
SP 163 //    const z0=sqrt(A0*A0 -xl0*xl0); /* I could use pow function but if pow is used make a check on the float type. If float then powf, if long double use powl */
164
165 /*placeholder for the pointer to vertex datastructure list... DIRTY: actual pointer points towards invalid address, one position before actual beginning of the list... This is to solve the difference between 1 based indexing in original program in fortran and 0 based indexing in C. All algorithms remain unchanged because of this!*/
166     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1 ; 
167
168
169     ts_uint nshell=(ts_uint)( sqrt((ts_double)(vlist->n-2)/5));
170 //    printf("nshell=%u\n",nshell);
171     ts_uint i,n0; // some for loop prereq
172     ts_int j,k;
173     ts_double dx,dy; // end loop prereq
174
175     /* topmost vertex */
8f6a69 176     vtx[1]->x=0.0;
SP 177     vtx[1]->y=0.0;
178     vtx[1]->z=z0*(ts_double)nshell;
7958e9 179     
SP 180     /* starting from to in circular order on pentagrams */    
181     for(i=1;i<=nshell;i++){
182         n0=2+5*i*(i-1)/2; //-1 would be for the reason that C index starts from 0 
8f6a69 183         vtx[n0]->x=0.0;
SP 184         vtx[n0]->y=(ts_double)i*xl0;
185         vtx[n0+i]->x=vtx[n0]->y*s1;
186         vtx[n0+i]->y=vtx[n0]->y*c1;
187         vtx[n0+2*i]->x=vtx[n0]->y*s2;
188         vtx[n0+2*i]->y=vtx[n0]->y*c2;
189         vtx[n0+3*i]->x=-vtx[n0+2*i]->x;
190         vtx[n0+3*i]->y=vtx[n0+2*i]->y;
191         vtx[n0+4*i]->x=-vtx[n0+i]->x;
192         vtx[n0+4*i]->y=vtx[n0+i]->y;
7958e9 193     }
SP 194
195     /* vertexes on the faces of the dipyramid */
196     for(i=1;i<=nshell;i++){
197         n0=2+5*i*(i-1)/2; // -1 would be because of C!
198         for(j=1;j<=i-1;j++){
8f6a69 199             dx=(vtx[n0]->x-vtx[n0+4*i]->x)/(ts_double)i;
SP 200             dy=(vtx[n0]->y-vtx[n0+4*i]->y)/(ts_double)i;
201             vtx[n0+4*i+j]->x=(ts_double)j*dx+vtx[n0+4*i]->x;
202             vtx[n0+4*i+j]->y=(ts_double)j*dy+vtx[n0+4*i]->y;
7958e9 203         }
SP 204         for(k=0;k<=3;k++){ // I would be worried about zero starting of for
8f6a69 205             dx=(vtx[n0+(k+1)*i]->x - vtx[n0+k*i]->x)/(ts_double) i;
SP 206             dy=(vtx[n0+(k+1)*i]->y - vtx[n0+k*i]->y)/(ts_double) i;
7958e9 207             for(j=1; j<=i-1;j++){
8f6a69 208                 vtx[n0+k*i+j]->x= (ts_double)j*dx+vtx[n0+k*i]->x;
SP 209                 vtx[n0+k*i+j]->y= (ts_double)j*dy+vtx[n0+k*i]->y;
7958e9 210             } 
SP 211         } 
212     }
213
214     for(i=1;i<=nshell;i++){
215         n0= 2+ 5*i*(i-1)/2;
216         for(j=0;j<=5*i-1;j++){
8f6a69 217         vtx[n0+j]->z= z0*(ts_double)(nshell-i);   // I would be worried about zero starting of for
7958e9 218         }
SP 219     }
220
221 /* for botom part of dipyramide we calculate the positions of vertices */
222     for(i=2+5*nshell*(nshell+1)/2;i<=vlist->n;i++){
8f6a69 223         vtx[i]->x=vtx[vlist->n - i +1]->x;
SP 224         vtx[i]->y=vtx[vlist->n - i +1]->y;
225         vtx[i]->z=-vtx[vlist->n - i +1]->z;
7958e9 226     }
SP 227
228     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
229         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
230             if(i!=j && vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j])<0.001){
231                 printf("Vertices %u and %u are the same!\n",i,j);
232             }
233         }
234     }
235     return TS_SUCCESS;
236 }
237
238
239
240 ts_bool init_vertex_neighbours(ts_vertex_list *vlist){
241     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
242     const ts_double eps=0.001; //TODO: find out if you can use EPS from math.h
243     ts_uint i,j;
244     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
245     /*this is not required if we zero all data in vertex structure at initialization */
246     /*if we force zeroing at initialization this for loop can safely be deleted */
247     //for(i=1;i<=vlist->n;i++){
248     //    vtx[i].neigh_no=0;
249     //}
250     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
251         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
252             dist2=vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j]);
fab2ad 253             if( (dist2>eps) && (dist2<(DEF_A0*DEF_A0+eps))){ 
7958e9 254     //if it is close enough, but not too much close (solves problem of comparing when i==j)
SP 255                 vtx_add_neighbour(vtx[i],vtx[j]);
256             }
257         }
258     //        printf ("vertex %u ima %u sosedov!\n",i,vtx[i]->data->neigh_no);
259     }
260
261     return TS_SUCCESS;
262 }
263
b01cc1 264 // TODO: with new datastructure can be rewritten. Partially it is done, but it is complicated.
SP 265 ts_vertex_list *init_sort_neighbours(ts_bond_list *blist,ts_vertex_list *vlist){
7958e9 266     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
SP 267     ts_uint i,l,j,jj,jjj,k=0;   
268     ts_double eps=0.001; // Take a look if EPS from math.h can be used
269
270 /*lets initialize memory for temporary vertex_list. Should we write a function instead */
b01cc1 271     ts_vertex_list *tvlist=vertex_list_copy(vlist);
7958e9 272     ts_vertex **tvtx=tvlist->vtx -1;  /* again to compensate for 0-indexing */
SP 273
274     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
275     ts_double direct; // Something, dont know what, but could be normal of some kind
276     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
277         k++; // WHY i IS NOT GOOD??
8f6a69 278            vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k], tvtx[vtx[i]->neigh[0]->idx+1]); //always add 1st
7958e9 279            jjj=1;
SP 280            jj=1;
8f6a69 281            for(l=2;l<=vtx[i]->neigh_no;l++){
SP 282                for(j=2;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
283                    dist2=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
284                    direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
285 // TODO: check if fabs can be used with all floating point types!!
fab2ad 286                    if( (fabs(dist2-DEF_A0*DEF_A0)<=eps) && (direct>0.0) && (j!=jjj) ){
8f6a69 287                        vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k],tvtx[vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1]);
7958e9 288                        jjj=jj;
SP 289                        jj=j;
290                        break;
291                    }
292                }
293            }    
294     }
b01cc1 295 /* We use the temporary vertex for our main vertices and we abandon main
SP 296  * vertices, because their neighbours are not correctly ordered */
297    // tvtx=vlist->vtx;
298    // vlist->vtx=tvtx;
299    // tvlist->vtx=vtx;
300     vtx_list_free(vlist);
301 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
302     if((blist->n)!=3*(tvlist->n-2)){
303         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(tvlist->n-2));
304         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
7958e9 305     }
SP 306
b01cc1 307     return tvlist;
7958e9 308 }
SP 309
310
311 ts_bool init_vesicle_bonds(ts_vesicle *vesicle){
312     ts_vertex_list *vlist=vesicle->vlist;
313     ts_bond_list *blist=vesicle->blist;
314     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx - 1; // Because of 0 indexing
315 /* lets make correct clockwise ordering of in nearest neighbour list */
316     ts_uint i,j,k;
317     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
318         for(j=i+1;j<=vlist->n;j++){
8f6a69 319             for(k=0;k<vtx[i]->neigh_no;k++){ // has changed 0 to < instead of 1 and <=
SP 320                 if(vtx[i]->neigh[k]==vtx[j]){  //if addresses matches it is the same
7958e9 321                     bond_add(blist,vtx[i],vtx[j]);
SP 322                     break;
323                 }
324             }
325         }
326     } 
327 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
328     if((blist->n)!=3*(vlist->n-2)){
329         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(vlist->n-2));
330         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
331     }
332     return TS_SUCCESS;
333 }
334
335
336
337 ts_bool init_triangles(ts_vesicle *vesicle){
338     ts_uint i,j,jj,k;
339     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
340     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
341     ts_double dist, direct;
342     ts_double eps=0.001; // can we use EPS from math.h?
343     k=0;
344     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 345         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 346             for(jj=1;jj<=vtx[i]->neigh_no;jj++){
7958e9 347         //        ts_fprintf(stderr,"%u: (%u,%u) neigh_no=%u ",i,j,jj,vtx[i].neigh_no);
SP 348         //      ts_fprintf(stderr,"%e, %e",vtx[i].neigh[j-1]->x,vtx[i].neigh[jj-1]->x);
8f6a69 349                 dist=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
SP 350                 direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);                
351 // TODO: same as above                
fab2ad 352                 if(fabs(dist-DEF_A0*DEF_A0)<=eps && direct < 0.0 && vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1 > i && vtx[i]->neigh[jj-1]->idx+1 >i){
8f6a69 353                     triangle_add(tlist,vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
7958e9 354                 }    
SP 355             }    
356         }
357     }
358 /* We check if all triangles have 3 vertices and if the number of triangles
359  * matches the theoretical value.
360  */
361     for(i=0;i<tlist->n;i++){
362         k=0;
363         for(j=0;j<3;j++){
41a035 364             if(tlist->tria[i]->vertex[j]!=NULL)
7958e9 365             k++;
SP 366         }
367             if(k!=3){
8f6a69 368                 fatal("Some triangles have less than 3 vertices..",4);
7958e9 369             }   
SP 370     } 
371     if(tlist->n!=2*(vesicle->vlist->n -2)){
372         ts_fprintf(stderr,"The number of triangles is %u but should be %u!\n",tlist->n,2*(vesicle->vlist->n -2));
373         fatal("The number of triangles doesn't match 2*(no_vertex -2).",4);
374     }
375     return TS_SUCCESS;
376 }
377
378
379
380 ts_bool init_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
381     ts_uint i,j,nobo;
382     ts_vertex *i1,*i2,*i3,*j1,*j2,*j3;
383 //    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
384     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
385     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
386     nobo=0;
387     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 388         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 389         i2=tria[i]->vertex[1]; 
390         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 391         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 392             if(j==i) continue;
41a035 393             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 394             j2=tria[j]->vertex[1]; 
395             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 396             if((i1==j1 && i3==j2) || (i1==j2 && i3==j3) || (i1==j3 && i3==j1)){
SP 397                     triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
398                     nobo++;
399             }
400         }
401     }
402     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 403         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 404         i2=tria[i]->vertex[1]; 
405         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 406         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 407             if(j==i) continue;
41a035 408             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 409             j2=tria[j]->vertex[1]; 
410             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 411             if((i1==j1 && i2==j3) || (i1==j3 && i2==j2) || (i1==j2 && i2==j1)){
SP 412                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
413                 nobo++;
414             }
415         }
416     }
417     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 418         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 419         i2=tria[i]->vertex[1]; 
420         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 421         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 422             if(j==i) continue;
41a035 423             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 424             j2=tria[j]->vertex[1]; 
425             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 426             if((i2==j1 && i3==j3) || (i2==j3 && i3==j2) || (i2==j2 && i3==j1)){
SP 427                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
428                 nobo++;
429             }
430         }
431     }
432     if(nobo != vesicle->blist->n*2) {
433             ts_fprintf(stderr,"Number of triangles= %u, number of bonds= %u\n",nobo/2, vesicle->blist->n);
434             fatal("Number of triangle neighbour pairs differs from double the number of bonds!",4);
435     }
436     return TS_SUCCESS;
437 }
438
439
440 ts_bool init_common_vertex_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
441     ts_uint i,j,jp,k;
442     ts_vertex *k1,*k2,*k3,*k4,*k5;
443     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
444     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
445     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
446
447     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 448         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 449             k1=vtx[i]->neigh[j-1];
7958e9 450             jp=j+1;
8f6a69 451             if(j == vtx[i]->neigh_no) jp=1;
SP 452             k2=vtx[i]->neigh[jp-1];
7958e9 453             for(k=1;k<=tlist->n;k++){        // VERY NON-OPTIMAL!!! too many loops (vlist.n * vtx.neigh * tlist.n )!
41a035 454                 k3=tria[k]->vertex[0];
SP 455                 k4=tria[k]->vertex[1];
456                 k5=tria[k]->vertex[2];
7958e9 457 //                ts_fprintf(stderr,"%u %u: k=(%u %u %u)\n",k1,k2,k3,k4,k5);
SP 458                 if((vtx[i]==k3 && k1==k4 && k2==k5) ||
459                 (vtx[i]==k4 && k1==k5 && k2==k3) ||
460                 (vtx[i]==k5 && k1==k3 && k2==k4)){
b01cc1 461
SP 462 //TODO: probably something wrong with neighbour distribution.
463 //                if(vtx[i]==k3 || vtx[i]==k4 || vtx[i]==k5){
dac2e5 464     //                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
7958e9 465                     vertex_add_tristar(vtx[i],tria[k]);
SP 466                 }
467             }
468         }
469 /*        ts_fprintf(stderr,"TRISTAR for %u (%u):",i-1,vtx[i].tristar_no);
470         for(j=0;j<vtx[i].tristar_no;j++){
471             ts_fprintf(stderr," %u,",vtx[i].tristar[j]->idx);
472         }
473         ts_fprintf(stderr,"\n"); */
474     }
475     return TS_SUCCESS;
476 }
477
478
479 ts_bool init_normal_vectors(ts_triangle_list *tlist){
480     /* Normals point INSIDE vesicle */
481     ts_uint k;
482     ts_triangle **tria=tlist->tria -1; //for 0 indexing
483     for(k=1;k<=tlist->n;k++){
484         triangle_normal_vector(tria[k]);    
485     }
486     return TS_SUCCESS;
487 }