Trisurf Monte Carlo simulator
view | history | commit | commitdiff
Samo Penic
2021-04-19 51f7fd23ba4e56dc198273eb795c8d1730cf4dbe
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
d7639a 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include "general.h"
4 #include "energy.h"
5 #include "vertex.h"
7d84ef 6 #include "bond.h"
d7639a 7 #include<math.h>
SP 8 #include<stdio.h>
384af9 9 #include <gsl/gsl_vector_complex.h>
SP 10 #include <gsl/gsl_matrix.h>
11 #include <gsl/gsl_eigen.h>
17fe35 12
SP 13
14
15 int cmpfunc(const void *x, const void *y)
16 {
17     double diff=    fabs(*(double*)x) - fabs(*(double*)y);
18     if(diff<0) return 1;
19     else return -1;
20 }
21
22
23
a00f10 24 /** @brief Wrapper that calculates energy of every vertex in vesicle
SP 25  *  
26  *  Function calculated energy of every vertex in vesicle. It can be used in
27  *  initialization procedure or in recalculation of the energy after non-MCsweep *  operations. However, when random move of vertex or flip of random bond occur *  call to this function is not necessary nor recommended. 
28  *  @param *vesicle is a pointer to vesicle.
29  *  @returns TS_SUCCESS on success.
30 */
d7639a 31 ts_bool mean_curvature_and_energy(ts_vesicle *vesicle){
SP 32
f74313 33     ts_uint i;
d7639a 34     
f74313 35     ts_vertex_list *vlist=vesicle->vlist;
SP 36     ts_vertex **vtx=vlist->vtx;
d7639a 37
SP 38     for(i=0;i<vlist->n;i++){
f74313 39         energy_vertex(vtx[i]);
b01cc1 40         
d7639a 41     }
SP 42
43     return TS_SUCCESS;
44 }
45
a00f10 46 /** @brief Calculate energy of a bond (in models where energy is bond related)
SP 47  *
48  *  This function is experimental and currently only used in polymeres calculation (PEGs or polymeres inside the vesicle).
49  *
50  *  @param *bond is a pointer to a bond between two vertices in polymere
51  *  @param *poly is a pointer to polymere in which we calculate te energy of the bond
52  *  @returns TS_SUCCESS on successful calculation
53 */
fedf2b 54 inline ts_bool bond_energy(ts_bond *bond,ts_poly *poly){
304510 55 //TODO: This value to be changed and implemented in data structure:
M 56     ts_double d_relaxed=1.0;
57     bond->energy=poly->k*pow(bond->bond_length-d_relaxed,2);
fedf2b 58     return TS_SUCCESS;
M 59 };
60
e6efc6 61 /** @brief Calculation of the bending energy of the vertex.
a00f10 62  *  
e6efc6 63  *  Main function that calculates energy of the vertex \f$i\f$. Function returns \f$\frac{1}{2}(c_1+c_2-c)^2 s\f$, where \f$(c_1+c_2)/2\f$ is mean curvature,
SP 64  * \f$c/2\f$ is spontaneous curvature and \f$s\f$ is area per vertex \f$i\f$.
65  *
66  * Nearest neighbors (NN) must be ordered in counterclockwise direction for this function to work.
a00f10 67  *  Firstly NNs that form two neighboring triangles are found (\f$j_m\f$, \f$j_p\f$ and common \f$j\f$). Later, the scalar product of vectors \f$x_1=(\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\cdot (\mathbf{i}-\mathbf{j_p})(\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\f$, \f$x_2=(\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\cdot  (\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\f$  and \f$x_3=(\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\cdot (\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\f$  are calculated. From these three vectors the \f$c_{tp}=\frac{1}{\tan(\varphi_p)}\f$ is calculated, where \f$\varphi_p\f$ is the inner angle at vertex \f$j_p\f$. The procedure is repeated for \f$j_m\f$ instead of \f$j_p\f$ resulting in \f$c_{tn}\f$.
SP 68  *  
854cb6 69 \begin{tikzpicture}{
a00f10 70 \coordinate[label=below:$i$] (i) at (2,0);
SP 71 \coordinate[label=left:$j_m$] (jm) at (0,3.7);
72 \coordinate[label=above:$j$] (j) at (2.5,6.4);
73 \coordinate[label=right:$j_p$] (jp) at (4,2.7);
d7639a 74
a00f10 75 \draw (i) -- (jm) -- (j) -- (jp) -- (i) -- (j);
SP 76
77 \begin{scope}
78 \path[clip] (jm)--(i)--(j);
79 \draw (jm) circle (0.8);
80 \node[right] at (jm) {$\varphi_m$};
81 \end{scope}
82
83 \begin{scope}
84 \path[clip] (jp)--(i)--(j);
85 \draw (jp) circle (0.8);
86 \node[left] at (jp) {$\varphi_p$};
87 \end{scope}
88
89 %%vertices
90 \draw [fill=gray] (i) circle (0.1);
91 \draw [fill=white] (j) circle (0.1);
92 \draw [fill=white] (jp) circle (0.1);
93 \draw [fill=white] (jm) circle (0.1);
94 %\node[draw,circle,fill=white] at (i) {};
854cb6 95 \end{tikzpicture}
a00f10 96
SP 97  * The curvature is then calculated as \f$\mathbf{h}=\frac{1}{2}\Sigma_{k=0}^{\mathrm{neigh\_no}} c_{tp}^{(k)}+c_{tm}^{(k)} (\mathbf{j_k}-\mathbf{i})\f$, where \f$c_{tp}^{(k)}+c_{tm}^k=2\sigma^{(k)}\f$ (length in dual lattice?) and the previous equation can be written as \f$\mathbf{h}=\Sigma_{k=0}^{\mathrm{neigh\_no}}\sigma^{(k)}\cdot(\mathbf{j}-\mathbf{i})\f$ (See Kroll, p. 384, eq 70).
98  *
99  * From the curvature the enery is calculated by equation \f$E=\frac{1}{2}\mathbf{h}\cdot\mathbf{h}\f$.
100  * @param *vtx is a pointer to vertex at which we want to calculate the energy
101  * @returns TS_SUCCESS on successful calculation.
102 */
d7639a 103 inline ts_bool energy_vertex(ts_vertex *vtx){
608cbe 104     ts_uint jj, i, j;
7d84ef 105     ts_double edge_vector_x[7]={0,0,0,0,0,0,0};
SP 106     ts_double edge_vector_y[7]={0,0,0,0,0,0,0};
107     ts_double edge_vector_z[7]={0,0,0,0,0,0,0};
108     ts_double edge_normal_x[7]={0,0,0,0,0,0,0};
109     ts_double edge_normal_y[7]={0,0,0,0,0,0,0};
110     ts_double edge_normal_z[7]={0,0,0,0,0,0,0};
111     ts_double edge_binormal_x[7]={0,0,0,0,0,0,0};
112     ts_double edge_binormal_y[7]={0,0,0,0,0,0,0};
113     ts_double edge_binormal_z[7]={0,0,0,0,0,0,0};
114     ts_double vertex_normal_x=0.0;
115     ts_double vertex_normal_y=0.0;
116     ts_double vertex_normal_z=0.0;
608cbe 117 //    ts_triangle *triedge[2]={NULL,NULL};
a63f17 118
608cbe 119     ts_uint nei,neip,neim;
SP 120     ts_vertex *it, *k, *kp,*km;
121     ts_triangle *lm=NULL, *lp=NULL;
7d84ef 122     ts_double sumnorm;
8493be 123     ts_double temp_length;
d7639a 124
384af9 125
SP 126     ts_double Se11, Se21, Se22, Se31, Se32, Se33;
127     ts_double Pv11, Pv21, Pv22, Pv31, Pv32, Pv33;
128     ts_double We;
129     ts_double Av, We_Av;
130
17fe35 131     ts_double eigenval[3];
SP 132
384af9 133     gsl_matrix *gsl_Sv=gsl_matrix_alloc(3,3);
17fe35 134     gsl_vector *Sv_eigen=gsl_vector_alloc(3);
SP 135     gsl_eigen_symm_workspace *workspace=gsl_eigen_symm_alloc(3);
384af9 136
SP 137     ts_double mprod[7], phi[7], he[7];
138     ts_double Sv[3][3]={{0,0,0},{0,0,0},{0,0,0}};
7d84ef 139     // Here edge vector is calculated
SP 140 //    fprintf(stderr, "Vertex has neighbours=%d\n", vtx->neigh_no);
8493be 141
SP 142
143
144
384af9 145     Av=0;
SP 146     for(i=0; i<vtx->tristar_no; i++){
efb615 147         vertex_normal_x=(vertex_normal_x - vtx->tristar[i]->xnorm*vtx->tristar[i]->area);
SP 148         vertex_normal_y=(vertex_normal_y - vtx->tristar[i]->ynorm*vtx->tristar[i]->area);
149         vertex_normal_z=(vertex_normal_z - vtx->tristar[i]->znorm*vtx->tristar[i]->area);
384af9 150         Av+=vtx->tristar[i]->area/3;
SP 151     }
8493be 152     temp_length=sqrt(pow(vertex_normal_x,2)+pow(vertex_normal_y,2)+pow(vertex_normal_z,2));
SP 153     vertex_normal_x=vertex_normal_x/temp_length;
154     vertex_normal_y=vertex_normal_y/temp_length;
155     vertex_normal_z=vertex_normal_z/temp_length;
384af9 156
SP 157     Pv11=1-vertex_normal_x*vertex_normal_x;
158     Pv22=1-vertex_normal_y*vertex_normal_y;
159     Pv33=1-vertex_normal_z*vertex_normal_z;
160     Pv21=vertex_normal_x*vertex_normal_y;
161     Pv31=vertex_normal_x*vertex_normal_z;
162     Pv32=vertex_normal_y*vertex_normal_z;
163
efb615 164 /*    if(vtx->idx==0){
SP 165         printf("Vertex normal for vertex %d: %f, %f, %f\n",vtx->idx,vertex_normal_x, vertex_normal_y, vertex_normal_z);
166     }
167 */
8493be 168     for(jj=0;jj<vtx->neigh_no;jj++){
SP 169     edge_vector_x[jj]=vtx->neigh[jj]->x-vtx->x;
170     edge_vector_y[jj]=vtx->neigh[jj]->y-vtx->y;
171     edge_vector_z[jj]=vtx->neigh[jj]->z-vtx->z;
172
173     //Here we calculate normalized edge vector
174
175     temp_length=sqrt(edge_vector_x[jj]*edge_vector_x[jj]+edge_vector_y[jj]*edge_vector_y[jj]+edge_vector_z[jj]*edge_vector_z[jj]);
176     edge_vector_x[jj]=edge_vector_x[jj]/temp_length;
177     edge_vector_y[jj]=edge_vector_y[jj]/temp_length;
178     edge_vector_z[jj]=edge_vector_z[jj]/temp_length;
179
180     //end normalization
384af9 181 //    printf("(%f %f %f)\n", vertex_normal_x, vertex_normal_y, vertex_normal_z);
efb615 182 /*
SP 183     if(vtx->idx==0){
184         printf("Edge vector for vertex %d (vector %d): %f, %f, %f\n",vtx->idx,jj,edge_vector_x[jj], edge_vector_y[jj], edge_vector_z[jj]);
185     }
186 */
608cbe 187     it=vtx;
SP 188     k=vtx->neigh[jj];
189     nei=0;
190         for(i=0;i<it->neigh_no;i++){ // Finds the nn of it, that is k 
191             if(it->neigh[i]==k){
192                 nei=i;
193                 break;
194             }
195         }
196         neip=nei+1;  // I don't like it.. Smells like I must have it in correct order
197         neim=nei-1;
198         if(neip>=it->neigh_no) neip=0;
199         if((ts_int)neim<0) neim=it->neigh_no-1; /* casting is essential... If not
200 there the neim is never <0 !!! */
201   //  fprintf(stderr,"The numbers are: %u %u\n",neip, neim);
202         km=it->neigh[neim];  // We located km and kp
203         kp=it->neigh[neip];
204
205         if(km==NULL || kp==NULL){
384af9 206             fatal("energy_vertex: cannot determine km and kp!",233);
608cbe 207         }
SP 208
209    for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
210         for(j=0;j<k->tristar_no;j++){
211             if((it->tristar[i] == k->tristar[j])){ //ce gre za skupen trikotnik
212                 if((it->tristar[i]->vertex[0] == km || it->tristar[i]->vertex[1]
213 == km || it->tristar[i]->vertex[2]== km )){
214                 lm=it->tristar[i];
215          //       lmidx=i;
216                 }
217                 else
218                 {
219                 lp=it->tristar[i];
220          //       lpidx=i;
221                 }
222
223             }
224         }
225     }
384af9 226 if(lm==NULL || lp==NULL) fatal("energy_vertex: Cannot find triangles lm and lp!",233);
d7639a 227
8493be 228     //Triangle normals are NORMALIZED!
SP 229
608cbe 230     sumnorm=sqrt( pow((lm->xnorm + lp->xnorm),2) + pow((lm->ynorm + lp->ynorm), 2) + pow((lm->znorm + lp->znorm), 2));
SP 231
232     edge_normal_x[jj]=(lm->xnorm+ lp->xnorm)/sumnorm;
233     edge_normal_y[jj]=(lm->ynorm+ lp->ynorm)/sumnorm;
234     edge_normal_z[jj]=(lm->znorm+ lp->znorm)/sumnorm;
7d84ef 235
SP 236
237     edge_binormal_x[jj]=(edge_normal_y[jj]*edge_vector_z[jj])-(edge_normal_z[jj]*edge_vector_y[jj]);
238     edge_binormal_y[jj]=-(edge_normal_x[jj]*edge_vector_z[jj])+(edge_normal_z[jj]*edge_vector_x[jj]);
239     edge_binormal_z[jj]=(edge_normal_x[jj]*edge_vector_y[jj])-(edge_normal_y[jj]*edge_vector_x[jj]);
240
384af9 241
efb615 242     //mprod[jj]=it->x*(k->y*edge_vector_z[jj]-edge_vector_y[jj]*k->z)-it->y*(k->x*edge_vector_z[jj]-k->z*edge_vector_x[jj])+it->z*(k->x*edge_vector_y[jj]-k->y*edge_vector_x[jj]);
SP 243     mprod[jj]=lm->xnorm*(lp->ynorm*edge_vector_z[jj]-lp->znorm*edge_vector_y[jj]) - lm->ynorm*(lp->xnorm*edge_vector_z[jj]-lp->znorm*edge_vector_z[jj])+ lm->znorm*(lp->xnorm*edge_vector_y[jj]-lp->ynorm*edge_vector_x[jj]);
244
245     phi[jj]=copysign(acos(lm->xnorm*lp->xnorm+lm->ynorm*lp->ynorm+lm->znorm*lp->znorm-1e-10),-mprod[jj])+M_PI;
246 /*    if(vtx->idx==0){
247         printf("Angle PHI vertex %d (angle %d): %f\n",vtx->idx,jj,phi[jj]);
248     }
249 */
8493be 250 //    printf("ACOS arg=%e\n", lm->xnorm*lp->xnorm+lm->ynorm*lp->ynorm+lm->znorm*lp->znorm);
SP 251     //he was multiplied with 2 before...
efb615 252 //    he[jj]=sqrt( pow((edge_vector_x[jj]),2) + pow((edge_vector_y[jj]), 2) + pow((edge_vector_z[jj]), 2))*cos(phi[jj]/2.0);
SP 253     he[jj]=temp_length*cos(phi[jj]/2.0);
8493be 254 //    printf("phi[%d]=%f\n", jj,phi[jj]);
efb615 255 /*
SP 256     if(vtx->idx==0){
257         printf("H operator of edge vertex %d (edge %d): %f\n",vtx->idx,jj,he[jj]);
258     }
259 */
260     Se11=-edge_binormal_x[jj]*edge_binormal_x[jj]*he[jj];
261     Se21=-edge_binormal_x[jj]*edge_binormal_y[jj]*he[jj];
262     Se22=-edge_binormal_y[jj]*edge_binormal_y[jj]*he[jj];
263     Se31=-edge_binormal_x[jj]*edge_binormal_z[jj]*he[jj];
264     Se32=-edge_binormal_y[jj]*edge_binormal_z[jj]*he[jj];
265     Se33=-edge_binormal_z[jj]*edge_binormal_z[jj]*he[jj];
384af9 266
SP 267     We=vertex_normal_x*edge_normal_x[jj]+vertex_normal_y*edge_normal_y[jj]+vertex_normal_z*edge_normal_z[jj];
268     We_Av=We/Av;
269
270     Sv[0][0]+=We_Av* ( Pv11*(Pv11*Se11+Pv21*Se21+Pv31*Se31)+Pv21*(Pv11*Se21+Pv21*Se22+Pv31*Se32)+Pv31*(Pv11*Se31+Pv21*Se32+Pv31*Se33) );
271     Sv[0][1]+=We_Av* (Pv21*(Pv11*Se11+Pv21*Se21+Pv31*Se31)+Pv22*(Pv11*Se21+Pv21*Se22+Pv31*Se32)+Pv32*(Pv11*Se31+Pv21*Se32+Pv31*Se33));
272     Sv[0][2]+=We_Av* (Pv31*(Pv11*Se11+Pv21*Se21+Pv31*Se31)+Pv32*(Pv11*Se21+Pv21*Se22+Pv31*Se32)+Pv33*(Pv11*Se31+Pv21*Se32+Pv31*Se33));
273     
274     Sv[1][0]+=We_Av* (Pv11*(Pv21*Se11+Pv22*Se21+Pv32*Se31)+Pv21*(Pv21*Se21+Pv22*Se22+Pv32*Se32)+Pv31*(Pv21*Se31+Pv22*Se32+Pv32*Se33));
275     Sv[1][1]+=We_Av* (Pv21*(Pv21*Se11+Pv22*Se21+Pv32*Se31)+Pv22*(Pv21*Se21+Pv22*Se22+Pv32*Se32)+Pv32*(Pv21*Se31+Pv22*Se32+Pv32*Se33));
276     Sv[1][2]+=We_Av* (Pv31*(Pv21*Se11+Pv22*Se21+Pv32*Se31)+Pv32*(Pv21*Se21+Pv22*Se22+Pv32*Se32)+Pv33*(Pv21*Se31+Pv22*Se32+Pv32*Se33));
277
278     Sv[2][0]+=We_Av* (Pv11*(Pv31*Se11+Pv32*Se21+Pv33*Se31)+Pv21*(Pv31*Se21+Pv32*Se22+Pv33*Se32)+Pv31*(Pv31*Se31+Pv32*Se32+Pv33*Se33));
279     Sv[2][1]+=We_Av* (Pv21*(Pv31*Se11+Pv32*Se21+Pv33*Se31)+Pv22*(Pv31*Se21+Pv32*Se22+Pv33*Se32)+Pv32*(Pv31*Se31+Pv32*Se32+Pv33*Se33));
280     Sv[2][2]+=We_Av* (Pv31*(Pv31*Se11+Pv32*Se21+Pv33*Se31)+Pv32*(Pv31*Se21+Pv32*Se22+Pv33*Se32)+Pv33*(Pv31*Se31+Pv32*Se32+Pv33*Se33));
281 //    printf("(%f %f %f); (%f %f %f); (%f %f %f)\n", edge_vector_x[jj], edge_vector_y[jj], edge_vector_z[jj], edge_normal_x[jj], edge_normal_y[jj], edge_normal_z[jj], edge_binormal_x[jj], edge_binormal_y[jj], edge_binormal_z[jj]);
7d84ef 282
8493be 283     } // END FOR JJ
384af9 284     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 0,0, Sv[0][0]);
SP 285     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 0,1, Sv[0][1]);
286     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 0,2, Sv[0][2]);
287     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 1,0, Sv[1][0]);
288     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 1,1, Sv[1][1]);
289     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 1,2, Sv[1][2]);
290     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 2,0, Sv[2][0]);
291     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 2,1, Sv[2][1]);
292     gsl_matrix_set(gsl_Sv, 2,2, Sv[2][2]);
293
8493be 294 //    printf("Se= %f, %f, %f\n    %f, %f, %f\n    %f, %f, %f\n", Se11, Se21, Se31, Se21, Se22, Se32, Se31, Se32, Se33);
SP 295 //    printf("Pv= %f, %f, %f\n    %f, %f, %f\n    %f, %f, %f\n", Pv11, Pv21, Pv31, Pv21, Pv22, Pv32, Pv31, Pv32, Pv33);
17fe35 296 //    printf("Sv= %f, %f, %f\n    %f, %f, %f\n    %f, %f, %f\n", Sv[0][0], Sv[0][1], Sv[0][2], Sv[1][0], Sv[1][1], Sv[1][2], Sv[2][0], Sv[2][1], Sv[2][2]);
8493be 297
384af9 298
17fe35 299     gsl_eigen_symm(gsl_Sv, Sv_eigen, workspace);
SP 300
301 //    printf("Eigenvalues: %f, %f, %f\n", gsl_vector_get(Sv_eigen, 0),gsl_vector_get(Sv_eigen, 1), gsl_vector_get(Sv_eigen, 2) );
302 //    printf("Eigenvalues: %f, %f, %f\n", gsl_matrix_get(evec, 0,0),gsl_matrix_get(evec, 0,1), gsl_matrix_get(evec, 0,2) );
303
304
305     eigenval[0]= gsl_vector_get(Sv_eigen, 0);
306     eigenval[1]= gsl_vector_get(Sv_eigen, 1);
307     eigenval[2]= gsl_vector_get(Sv_eigen, 2);
308
309     qsort(eigenval, 3, sizeof(ts_double), cmpfunc);
51f7fd 310     if(vtx->idx==1){
efb615 311     printf("Eigenvalues: %f, %f, %f\n", eigenval[0], eigenval[1], eigenval[2] );
51f7fd 312     exit(0);
efb615 313     }
17fe35 314
SP 315     vtx->energy=(pow(eigenval[0]+eigenval[1],2))*Av;
384af9 316
SP 317     gsl_matrix_free(gsl_Sv);
17fe35 318     gsl_vector_free(Sv_eigen);
SP 319 //    gsl_matrix_free(evec);
320     gsl_eigen_symm_free(workspace);
7d84ef 321     return TS_SUCCESS;
d7639a 322 }
e5858f 323
SP 324 ts_bool sweep_attraction_bond_energy(ts_vesicle *vesicle){
325     int i;
326     for(i=0;i<vesicle->blist->n;i++){
327         attraction_bond_energy(vesicle->blist->bond[i], vesicle->tape->w);
328     }
329     return TS_SUCCESS;
330 }
331
332
333 inline ts_bool attraction_bond_energy(ts_bond *bond, ts_double w){
334
335     if(fabs(bond->vtx1->c)>1e-16 && fabs(bond->vtx2->c)>1e-16){
032273 336         bond->energy=-w;
e5858f 337     }
SP 338     else {
339         bond->energy=0.0;
340     }
341     return TS_SUCCESS;
342 }
250de4 343
SP 344 ts_double direct_force_energy(ts_vesicle *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *vtx_old){
345     if(fabs(vtx->c)<1e-15) return 0.0;
346 //    printf("was here");
347     if(fabs(vesicle->tape->F)<1e-15) return 0.0;
348
349     ts_double norml,ddp=0.0;
350     ts_uint i;
351     ts_double xnorm=0.0,ynorm=0.0,znorm=0.0;
02d65c 352     /*find normal of the vertex as sum of all the normals of the triangles surrounding it. */
250de4 353     for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++){
02d65c 354             xnorm+=vtx->tristar[i]->xnorm;
MF 355             ynorm+=vtx->tristar[i]->ynorm;
356             znorm+=vtx->tristar[i]->znorm;
250de4 357     }
SP 358     /*normalize*/
359     norml=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
360     xnorm/=norml;
361     ynorm/=norml;
362     znorm/=norml;
363     /*calculate ddp, perpendicular displacement*/
c372c1 364     ddp=xnorm*(vtx->x-vtx_old->x)+ynorm*(vtx->y-vtx_old->y)+znorm*(vtx->z-vtx_old->z);
250de4 365     /*calculate dE*/
SP 366 //    printf("ddp=%e",ddp);
367     return vesicle->tape->F*ddp;        
368     
369 }
7ec6fb 370
SP 371 void stretchenergy(ts_vesicle *vesicle, ts_triangle *triangle){
04694f 372     triangle->energy=vesicle->tape->xkA0/2.0*pow((triangle->area/vesicle->tlist->a0-1.0),2);
7ec6fb 373 }